源于妘姓，出自黄帝的子孙颛顼的后代，于缙云氏，是黄帝时夏官之后，以官名为姓氏。源于鲜卑族，出自南北朝时期代北鲜卑诸部，属于汉化改姓为氏。据史籍《魏书·官氏志》记载，魏、晋、南北朝时期，代北地区的鲜卑民族中有复姓宥连氏、悉云氏、是云氏、牒云氏等。 云定兴隋朝，官至大将军。
云姓主要集中在蒙古族，是蒙古的贵族的姓氏。