侏儒兔可以通过生殖器分辨公母，母侏儒兔的生殖器一般距离肛门比较近，而公侏儒兔的生殖器一般距离肛门比较远。当侏儒兔4个月左右的时候，公兔一般大腿根部位会出现蛋蛋特别明显，而母兔就不会出现这种现象。通常，公侏儒兔的个体要比母侏儒兔的个体更大一些。
侏儒兔的屁股有挨着的上下两个洞，其中挨着尾巴的那个是用来便便的，然后另外一个是生殖器官，母的侏儒兔的生殖器官为V型，公的则为O型。