1、秦出自嬴姓秦氏是少昊金天氏的直系后裔，少昊是中国野蛮时代中期一位极富传奇色彩的神话人物。秦王子婴被项羽所杀。秦灭后，王族子孙遂以国名为姓氏，称为秦氏。这便是陕西秦氏，伯益从而也就成了秦姓的得姓始祖。
2、源于姬姓周文王后代鲁国侯伯禽裔孙的封地秦邑，属于以居邑名为氏。周武王时，其弟周公旦被封鲁(今山东曲阜)称鲁公。鲁公后因辅佐周王留在了周都，儿子伯禽接封鲁国，其裔孙中有一支食邑于秦。
3、外族改姓源于巴尔虎旗蒙古穆奇德氏，属于汉化改姓为氏。穆奇德氏祖上穆奇德·罗拔伙世居辽阳，隶属巴尔虎旗蒙古。上古帝舜时期已有秦姓。但因秦不虚之后无世系资料可考，所以，唐宋时期的谱牒学家对秦姓的起源又有以国为氏和邑为氏之说。
4、源于外夷晋武帝时大秦国再次遣使者来中国通好。在以后的诸代，中国与大秦国的交往更加密切，如唐朝的大秦景教流行中国碑的发现，大秦人或出使、或经商来到中国后，多因中国物饶民丰、山川秀美、文化高度发达而愿居留，不愿再回去。这些人依从汉人的风俗习惯，便以“秦”为姓。
5、源于蒙古族，属于汉化改姓为氏蒙古族墨尔秦氏，亦称墨勒齐氏，世居台罕(今内蒙古科尔沁罕乌拉高格斯台自然保护区)。后有满族引为姓氏者，满语为Morcin Hala。蒙古族、满族墨尔秦氏，在清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、莫氏、齐氏等。