乙卯为干支之一，顺序为第52个。前一位是甲寅，后一位是丙辰。论阴阳五行，天干之乙属阴之木，地支之卯属阴之木，是比例和好。
癸卯为干支之一，顺序为第40个。前一位是壬寅，后一位是甲辰。论阴阳五行，天干之癸属阴支水。中国传统纪年农历的干支纪年中一个循环的第40年称“癸卯年”。干支纪年是60年一轮。论阴阳五行，天干之癸属阴之水，地支之卯属阴之木，是水生木相生。 卯是十二地支之一，十二生肖生肖之前对应便是地支。
区别主要在以下几个方面:一是乙卯和癸卯在六十花甲子中的排序不同，乙卯排在排名较好十二位，而癸卯排在排名较好十位。两者差距十二位。
二是两者天干地支的五行关系不同。乙卯天干乙属木，地支卯属木，两者同属木，是比肩关系，天干乙通透地支卯，因天干乙得到地支卯的帮肋。而癸卯天干癸属水，地支卯属木，天干水生地支木，癸是卯的印绶，卯是癸的食神。总之，乙卯和癸卯差别还是蛮大的。
乙卯和癸卯在纳音五行上就有区别，乙卯的五行纳音为大溪水，而癸卯的五行纳音为金泊金。乙为阴木，天干排列排名较好位。卯为地支，方位正东，与西方的酉为正冲。卯内藏乙木，与天干乙木互为比肩，本气即是乙木，是乙木的根，也是乙木的禄地，乙卯为坐禄。癸为阴水，天干排列排名较好位。癸水是卯内藏干乙木的偏印，而乙木是癸水的食神。癸水的根是正北方的地支子，与南方午为正冲。